Фазорегулятор ни как не завязан с электроникой поэтому неисправность датчика ВМТ не может повлиять на его работу.
у меня аналогичная проблема была, но она сама прошла... То что двигатель тарахтит как дизель при заводке это скорей всего вызвано тем, что работает в этот момент всего три цилиндра, т.е. движок троит. Троить он может из-за загрязнившейся форсунки, неисправной свечи, залитой водой катушки зажигания, неисправного датчика температуры воздуха (по этому датчику электроника корректирует пропорциональность впрыска бензина и воздуха) и наконец фазорегулятор который работает скорей всего от центробежной силы т.е. чем больше скорость шестерни, тем сильнее она смешает фазу (про принцип работы фазорегулятора-это мое ИМХО) . Она может попросту залипнуть в том последнем положении при котором работала последние секунды перед остановкой двигателя, а при заводке через некоторое время отлипнуть обратно
Датчик верхней вертвой точки тоже имеет смысл посмотреть. Если там налипли частички металла они могут искажать истиное положение коленвала и соотвественно не в тот момент подавать сигнал на разряд искры в цилиндрах.