У меня тоже пузыри, а после остановки двигателя воздух во всей видимой части прозрачной трубки. И ничего, всё ОК. Как вариант: замена прокладки топливного фильтра(идёт в комплекте с фильтром) или замена прозрачного топливопровода с грушей или маленькой трубки идущей от фильтра к помпе.
Кстати, ошибку ни какую не выдаёт? После того как не завелась должна что-то сказать. У меня была похожая проблема, думал что не заводиться из-за воздуха, а оказалось что нет синхронизации между датчиком положения коленвала и датчиком положения распредвала. Вылечилось заменой одного из них.